Den 11 000 bis 15 000 Kuruzzen, Türken und Tataren gelang es aber nur, die Vorstädte zu nehmen. Es fehlte ihnen an schweren Belagerungsgeschützen. Nemethi entschloss sich darauf hin, die Stadt auszuhungern, während seine Streifscharen weiterhin die Umgebung plünderten, bis weit nach Niederösterreich hinein. Von den Kaiserlichen wurden sie nicht behindert, diese lagen untätig und meuternd um Wien und weigerten sich, einzugreifen. Erst nach wochenlangen Verhandlungen konnte Erzherzog Matthias die Truppen des Generals Basta bewegen, der bedrängten Stadt Ödenburg zur Hilfe zu kommen - allerdings nur für das Zugeständnis, dass sie die Güter der " Rebellen" plündern durften. Die Aufständischen zogen ab, die Kaiserlichen verfolgten sie aber keineswegs, sondern fielen nun über die Nadasdy - Güter im Mittelburgenland her.

Gleichzeitig mit dem Aufstand flammte auch der „Türkenkrieg“ wieder auf. Der „lange Türkenkrieg“ oder „15jährige Krieg“ hatte schon 1593 begonnen, 1594 fiel Raab, 1598 wurde es zurückerobert. 1601 fiel Kanicza in die Hände der Türken. Die kaiserliche Armee hatte in Siebenbürgen Erfolge, die allerdings durch die unsinnige kaiserliche Politik wieder zunichte gemacht wurden. Die eingeleitete gewaltsame Gegenreformation und die schikanöse Behandlung des Landes führten zum Aufstand, der bald auch ganz Oberungarn erfasste. Die kaiserliche Armee zog sich 1604 nach Westen zurück, auch weil der Sold nicht bezahlt werden konnte. Sie spielte in den Ereignissen des Jahres 1605 eine unrühmliche Rolle. Erst Ende Juli zog die kaiserliche Seite ein größeres Heer zusammen und eroberte die wichtigsten Städte zurück. Die Steirer erlitten allerdings eine vernichtende Niederlage, so dass im September erneut ein starkes Heer der Aufständischen Richtung Steiermark ziehen konnte. Der Wiener Hofkriegsrat entsandte den Obersten Ridolfi mit tausend Reitern, die vom Papst angeworben und bezahlt worden waren. Zusammen mit Königsberg stellte er sich bei Steinamanger und wurde so vernichtend geschlagen, dass sich nur wenige der Soldaten retten konnten. Die kaiserlichen Besatzungstruppen zogen sich in Panik zurück, in St.Gotthard sprengte man noch die mittelalterliche Zisterzienserkirche in die Luft... Dann begann der neuerliche Einfall der „Kuruzzen“.
Das Nordburgenland und das Wiener Becken, das Südburgenland und die Oststeiermark wurden verheert und ausgeplündert. Die Burgen blieben unbelästigt, die Dörfer aber waren ohne Schutz. In der Oststeiermark fühlte sich die Bevölkerung von den eigenen Herrn verraten und erhob sich gegen sie. Tatsächlich wurde die Hilfe für das geplagte Land absichtlich hinausgezögert, denn inzwischen liefen schon Geheimverhandlungen mit Bocskai und man wollte sich in Wien die Aufstellung einer neuen kostspieligen Armee ersparen.

Erst im November wurde Waffenstillstand geschlossen, an den sich die heiduckischen, türkischen und tatarischen Truppenteile jedoch nicht hielten. Erst Anfang Dezember wurden sie vertrieben und wieder kaiserliche Besatzungen in die Städte gelegt, meist Söldner (Deutsche, Raizen = Serben, Wallonen, Italiener und sogar Kosaken), die nicht viel besser waren als die Türken. Die Schäden des Jahres 1605 waren gewaltig. Noch Jahre danach werden in den Steuerkonskriptionen zahlreiche Dörfer als völlig verbrannt und verödet bezeichnet, in fast allen Orten gab es verbrannte und verödete Häuser.

Der Wiener Friede wurde am 23. Juni 1606 geschlossen. Er gestattete die freie Religionsausübung für den Adel, die königlichen Freistädte und für die Besatzungen der Grenzfestungen. 1608 wurde der Wiener Friede auch vom ungarischen Landtag bestätigt. Der Ödenburger Stadtrat konnte nun wieder evangelische Prediger einsetzen und auch die evangelischen Schulen wieder eröffnen. In St. Georg wurde der Zipser Georg Egerer evangelischer Prediger in der Michaelerkirche als „Senior und Primanus“ Stephan Fuchsjäger, der aus Neckenmarkt berufen wurde.

Die Stadt Ödenburg wurde in der Zeit nach dem Wiener Frieden zur Gänze von den Evangelischen dominiert. Nach der Steuerliste von 1617 gab es keinen einzigen katholischen Hausbesitzer und damit auch kein einziges katholisches Ratsmitglied. Interessant ist, dass der Raaber Bischof selbst die Michaelerkirche den Evangelischen überlassen musste, da nur sie in der Lage waren, das zerstörte Kirchengebäude wieder aufzubauen. Die vermutlich nur sehr kleine ungarische evangelische Gemeinde bekam die St. Jakobs-Friedhofskapelle zugewiesen. Die katholische Gemeinde erhielt die Hl. Geist-Kapelle. Als katholischer Pfarrer wurde 1607 Kaspar Mayr eingesetzt. Allerdings blieb auch die Geißkirche in der Hand der Franziskaner.

Der Rat der Stadt setzte sich im 16. und 17. Jahrhundert so wie in den meisten Städten des deutschen Sprachraumes aus einem Inneren Rat und einem äußeren Rat zusammen. Im Inneren Rat saßen die Patrizier und Hausbesitzer der Innenstadt. Aus ihrem Kreis wurden Bürgermeister, Stadtrichter und Stadtschreiber gewählt. Zusammen mit diesen drei Funktionsträgern bildeten zwölf „Senatoren“ den Inneren Rat. Der Äußere Rat bestand aus 100 Mitgliedern, Hausbesitzer, zumeist Handwerker und Wirtschaftsbürger der Vorstädte. Vier „Tribunen“, vier „Viertelsmeister“ und die „Vierundzwanziger“ oder „Genannten“ bildeten das Führungsgremium des Äußeren Rates. Die Entscheidungen fielen allerdings ausschließlich im Inneren Rat.

Ein großes Problem der evangelischen Kirchengemeinde war in dieser Zeit die Abgrenzung von den anderen reformatorischen Bewegungen, besonders vom Kalvinismus. In Ödenburg blieb man streng lutherisch-orthodox, obwohl in der gesamten Umgebung, in den Herrschaften Eisenstadt und Forchtenstein, flazianische Prediger sehr erfolgreich wirkten. Besonders die ungarischen Prediger waren - wie die Beispiele Beythe und Dragonus zeigten, anfällig für den Kalvinismus. In Ödenburg hielt man sich weiterhin an die Kirchenordnung Simon Gerengels. Besonderen Wert legte man auf die „Kinderlehre, die den Glauben schon in jungen Jahren festigen sollte.