Schon an der Wende vom 12. zum 13. Jahrhundert ist die „Burg“ wieder „unbewohnt“. Es ist dies die Zeit, in der sich das magyarische Grenzverteidigungssystem längst als antiquiert erwiesen hatte, die „Grenzwächter“ aus dem Osten durch Ritter und Bauern aus dem Westen abgelöst worden waren und die Burgkasernen der Magyaren durch aufblühende deutsche Städte mit einer weit höheren Verteidigungs- wie Finanzkraft abgelöst wurden. Im 12. Jahrhundert kommen auch in Ödenburg zur bereits bestehenden Bevölkerung die „hospites“, die von den ungarischen Königen gerufenen Neusiedler aus dem Westen, also hauptsächlich Deutsche. Sie siedelten sich in der „Vorstadt“, im Bereich um die Michaelerkirche, an. In dieser Zeit entstanden auch die neuen deutschen Bauerndörfer in der Umgebung der Stadt, durchwegs planmäßige Anlagen im Anschluss an bereits bestehende kleinere Siedlungen.

Im 13. Jahrhundert wird die innere Stadt zur Wohnstätte neuer, zukunftsweisender Gruppen: Neben einigen „Stadtadeligen“, die vielleicht zum Teil in den früheren Burgbesatzungen wurzeln, die Kaufleute und Handwerker. Schon Mitte des 13. Jahrhunderts lassen die wohlhabenden Stadtadeligen und Patrizier ihre Wohntürme errichten, von denen inzwischen viele auch archäologisch belegt sind.

Diese „Burg“, die zum ersten Mal seit der Römerzeit auch wieder die Bezeichnung Stadt verdient, wurde nun neu befestigt. Es entstand das mittelalterliche deutsche Ödenburg. Der Prozess der Erneuerung des städtischen Lebens muss sich relativ rasch abgespielt haben. Der arabische Geograph Idrisi, der am Hof de Königs Roger II. von Sizilien wirkt, beschreibt die Stadt 1153/54 so: Eine bedeutende Stadt, in einer bebauten, fruchtbaren Gegend, mit hohen Häusern und schönen Sehenswürdigkeiten. Die ältesten bekannten Kirchenbauten stammen ebenfalls schon aus dem 12. und 13. Jahrhundert. Die älteste Kirche in der Stadt ist die Jakobskapelle neben der Michaelerkirche (die 1280 erstmals urkundlich erwähnt wird). Die Jakobskapelle ist ein Zentralbau. Die wichtigste Kirche, die Archidiakonatskirche, war damals allerdings die Maria Himmelfahrts-Kirche, die 1532 abgerissen wurde. Ebenfalls noch aus dieser Zeit stammen Kirchen in Hidegség, Wandorf, Kroisbach ...

Schriftliche Belege über die Erneuerung der römerzeitlichen Mauer gibt es erst mit einer Urkunde des Königs Andreas III.  (->Wikipedia) aus dem Jahre 1297. In ihr wird der baufällige Zustand der bestehenden Mauern beklagt und ihre Erneuerung angekündigt. Die römische Mauer diente als Basis für die beeindruckende Stadtbefestigung des mittelalterlichen Ödenburg, die 1340 fertig gestellt wurde. Zu dieser Zeit war Ödenburg längst eine der wichtigsten und wohlhabendsten Städte Ungarns. 1277 bekam sie von König Ladislaus ihr Stadtprivileg. 1280 begann die Bürgerschaft mit dem Bau der Franziskanerkirche auf dem Hauptplatz. Nach einer der patrizischen Stifterfamilien, der Familie Geisel oder Geisler wird sie bis heute „Geißkirche“ genannt.

1241 erschütterte die Mongolengefahr ganz Ungarn. Das ungarische Heer wurde bei Mohi geschlagen, König Bela IV. (->Wikipedia) musste fliehen. Mongolische Reiter (Tataren) gelangten bis in die Gegend von Wr. Neustadt und Korneuburg. (13)Quelle/Hinweis:
Einer der interessantesten Berichte über die Mongolenzeit stammt übrigens aus Ödenburg. Rogerius, Priester und Magister italienischer Abstammung, war eineinhalb Jahre in mongolischer Gefangenschaft. 1243, nachdem er auf abenteuerliche Weise zurückgekehrt war, wurde er vom Papst zum Archidiakon von Ödenburg ernannt. Dort schrieb er seine berühmten Memoiren: „Carmen miserabile super destructione Regni Hungariae temporibus Belae IV. per Tataros facta“ (Klagelied über die Zerstörung des Königreiches Ungarn durch die Tataren zur Zeit König Belas IV.).
Der Babenberger Friedrich II. der Streitbare (->Wikipedia) sagte dem Ungarnkönig Hilfe zu und ließ sich dafür die drei westlichen Komitate (Preßburg, Wieselburg, Ödenburg) abtreten. Die versprochene Hilfe blieb allerdings aus. Erst der Tod des Großkhans bewog die Mongolen zum Rückzug. Der Babenberger war aber nicht gewillt, die drei Komitate wieder herauszugeben. So gelangte Ödenburg erstmals auch politisch an das Herzogtum Österreich. Die Folgezeit war geprägt durch Konflikte mit dem westlichen Nachbarn, wobei westungarische Adelige nur allzu bereit waren, sich mit den Österreichern zu verbünden. Es gelang Bela IV., Ödenburg zurückzuerobern. 1250 kam es an der Leitha schließlich zur entscheidenden Schlacht, in der Friedrich II. der Streitbare fiel. Der Tatarensturm hatte insofern Konsequenzen, als er eindeutig gezeigt hatte, wie unzulänglich die alten Verteidigungsanlagen waren. Vor allem die damals noch üblichen Holztürme des Adels hielten nicht stand. Hingegen erwiesen sich die Städte und Burgen aus Stein als sicher.

1254 fiel im Frieden von Ofen die Steiermark an Ungarn. 1260 musste Bela IV. dieses Herzogtum wieder herausgeben, nach der vernichtenden Niederlage der Ungarn bei Groißenbrunn. Es folgte eine friedlichere Zeit, eine Zeit der Annäherung zu Premysl Ottokar II., dem König von Böhmen und neuen Herrn der früheren Babenbergerländer. Diese Phase des friedlichen Nebeneinander dauerte bis zum Tode Belas IV. im Jahre 1271.