Angesichts der weiträumigen Handelsverbindungen der Stadt Ödenburg ist es nicht weiter verwunderlich, dass die Nachrichten über das Auftreten und die Anliegen Luthers die Stadt schon früh erreichten. Bücher und Druckschriften fanden in der Stadt Eingang, sie wurden in Wien erworben, aber auch in der Stadt selbst verkauft. Der ungarische Landtag befasste sich mit der lutherischen Ketzerei und bedrohte ihre Anhänger mit dem Verlust von Vermögen und Kopf. 1524 verbot König Ludwig erneut die Verbreitung lutherischer Schriften. 1524 bereits informierte der damalige Stadtpfarrer Christoph Peck den Raaber Archidiakon und Domherrn Kajari darüber, dass die neue Lehre in Ödenburg Eingang gefunden habe. „Es ist allgemein bekannt, dass die Bürger die lutherischen Bücher kaufen und lesen, dann schimpfen sie über den Papst, die Kardinäle und andere los, dass es eine Schande ist.“

Als 1532 die Türken erneut herannahten, wurde in Ödenburg wieder eine „mustra“ (Musterung) durchgeführt. 670 wehrfähige Männer wurden erhoben, dazu kamen 196 Mann aus den Stadtdörfern und 19 Priester. Dem Stadthauptmann standen 68 Reiter zur Verfügung. Den 110 000 Mann der Türken hätte die Stadt auf Dauer wohl kaum Widerstand leisten können. Die heldenhafte Verteidigung des noch viel kleineren Güns hielt das türkische Heer aber so lange auf, dass es für eine Belagerung Wiens zu spät wurde. Ganz spurlos ging dieser Türkenzug aber auch an Ödenburg nicht vorüber, die Tataren verwüsteten erneut das Land.

Ab 1565 wurde Ödenburg eine entschieden evangelische Stadt. Dies war vor allem einer Person zu verdanken: Simon Gerengel, dem Reformator Ödenburgs. 1565 hielt er sich in Ödenburg auf. Er besuchte seine Verwandten, denn er war seit seiner Aspanger Zeit mit einer Ödenburgerin verheiratet. Er hielt eine Probepredigt in St. Michael, die offenbar „voll einschlug“. Gerengel wirkte nur sechs Jahre lang in Ödenburg. Er starb 1571.Diese Zeit reichte, um aus den Bürgern der Stadt entschiedene Anhänger der Reformation zu machen. Der Boden dafür war freilich, wie die Studenten aus Ödenburg in Wittenberg beweisen, schon längst aufbereitet. Gerengel hatte mit seinen schriftlichen Werken auch für die Zukunft vorgesorgt.

Die konfessionellen Auseinandersetzungen nahmen 1578 mit dem Amtsantritt des neuen Raaber Bischofs Georg Draskovich schärfere Formen an. Der Bischof berief 1579 sämtliche Priester seiner Diözese zu einer Synode nach Steinamanger ein. Das Ziel war die Durchsetzung der Beschlüsse des Konzils von Trient. So wie viele evangelische Grundherrn verweigerte auch die Stadt Ödenburg die Entsendung ihrer Prediger. Die Weigerung der Stadt hatte schwerwiegende Folgen. Zunächst erwirkte der Bischof einen Befehl König Rudolfs II., der der Stadt untersagte, an Stelle der 1582 verstorbenen Prediger Musaeus und Rittschändl neue Prediger einzustellen. Der Stadtrat stellte aber Leonhard Pinder als Prediger an der St. Georgskirche ein. Ein anderer, Andreas Pfendtner, kam vom Spital als Prediger an die St. Michaelskirche.

Der Bocskay-Aufstand von 1605 war eines der schlimmsten Ereignisse in der Stadtgeschichte. Er brachte schwere Zerstörungen und viel Leid, vor allem über die Stadtdörfer. Er führte aber auch zum Wiener Frieden von 1606, der der Stadt und den Dörfern die Religionsfreiheit zurückgab.
Stefan Bocskay, der Fürst von Siebenbürgen (->Wikipedia), hatte die protestantischen Freiheiten auf seine Fahnen geschrieben. In seinem Gefolge aber fanden sich wenig erfreuliche Elemente wie etwa die wilden Heiducken unter ihrem Anführer Gregor Némethy und sogar Türken und Tataren. Auf dem Landtag von Preßburg im Frühjahr 1605 zeichnete sich der Konflikt bereits ab.

Den 11 000 bis 15 000 Kuruzzen, Türken und Tataren gelang es aber nur, die Vorstädte zu nehmen. Es fehlte ihnen an schweren Belagerungsgeschützen. Nemethi entschloss sich darauf hin, die Stadt auszuhungern, während seine Streifscharen weiterhin die Umgebung plünderten, bis weit nach Niederösterreich hinein. Von den Kaiserlichen wurden sie nicht behindert, diese lagen untätig und meuternd um Wien und weigerten sich, einzugreifen. Erst nach wochenlangen Verhandlungen konnte Erzherzog Matthias die Truppen des Generals Basta bewegen, der bedrängten Stadt Ödenburg zur Hilfe zu kommen - allerdings nur für das Zugeständnis, dass sie die Güter der " Rebellen" plündern durften. Die Aufständischen zogen ab, die Kaiserlichen verfolgten sie aber keineswegs, sondern fielen nun über die Nadasdy - Güter im Mittelburgenland her.

abb13In der Zeit nach dem Wiener Frieden und in den Wirren des Bethlen – Aufstandes spielte eine Person eine besonders wichtige und dominierende Rolle: Christoph Lackner. Grete Maar würdigt ihn treffend und keineswegs übertrieben mit folgenden Worten: „Dr. Christoph Lackner ist der große Sohn unserer Stadt in dieser harten Zeit, ein tapferer Soldat, Diplomat mit Weitblick und Gespür für die Notwendigkeit des Augenblicks, Dichter und Jurist, begeisterter Bekenner seines evangelischen Glaubens und trotzdem großmütig gegenüber Katholiken. Obwohl er die schweren Jahre der Verfolgung unter den Erzherzögen Ernst und Matthias in seiner Jugend miterlebt hatte, war er stets auf Habsburgs Seite, weil er als Realpolitiker die Befreiung von den Türken nur von dort erhoffte.“ (28)Quelle/Hinweis:
Maar, G.: Einführung in die Geschichte der westungarischen Stadt Scarabantia – Ödenburg – Sopron. Edition Praesens, Wien 2000. S. 91.
Lackner (29)Quelle/Hinweis:
Die Familie Lackners stammte aus Bayern. Der Großvater war Goldschmied aus Tutmaningen und hatte seine Lehrzeit in Wien absolviert. Dessen Sohn Adam Lackner ließ sich - ebenfalls als Goldschmied - 1568 in Ödenburg nieder und erhielt das Bürgerrecht. Er war mit Barbara Schiffer aus Aspang verheiratet. Mit ihr hatte er seinen einzigen Sohn Christoph, der am 19. November 1571 geboren wurde. Barbara starb allerdings schon früh und Christoph Lackner wurde von seiner Stiefmutter sorgfältig erzogen. Es war dies Anna, die gebildete und kultivierte Tochter des Eisenstädter Pfarrers Stephan Consul.
besuchte kurz die berühmte evangelische Schule in Tschapring (Csepreg) und hielt sich vorübergehend in Mähren und Schlesien auf. Er kehrte immer wieder in seine Heimatstadt zurück und lernte das Goldschmiedehandwerk.

Es waren der Stadt allerdings nur wenige Jahre der Ruhe und des Aufbaues gegönnt. Schon bald drohten weit größere Gefahren als die Bocskai-Wirren. Die Probleme kündigten sich schon bald nach dem Wiener Frieden an. Die Gegenreformation begann im habsburgischen Ungarn mit voller Wucht. Mit den Esterházy kam eine Familie nach Westungarn, die sich nach dem Glaubenswechsel Nikolaus Esterházys zum Katholizismus als fanatische Gegner des Luthertums erwies. Die Stadt Ödenburg und ihre Herrschaft waren bald von Esterházy-Besitzungen umgeben.

Den dritten Landtag in Ödenburg im Jahre 1634 erlebte Lackner nicht mehr. Er starb im Jahre 1631. Während dieses dritten Landtages befand sich auch Kardinal Pázmany in der Stadt. Der bekannte Chormeister und Kantor der – damals evangelischen – Michaelerkirche, Andreas Rauch, komponierte für ihn die Begrüßungsmusik. Pázmany muss mit zwiespältigen Gefühlen nach Ödenburg gekommen sein, war die Stadt doch damals ein Zufluchtsort für viele aus Wien und aus Österreich vertriebene evangelische Adelige (darunter Angehörige der Häuser Jörger, Auersperg, Herberstein, Trautmannsdorf ...).

Erzbischof Szelepcsény und Kammerpräsident Kollonits, Bischof von Wr. Neustadt, benützten auch die Briefe Wittnyédis, um gegen die evangelische Stadt Ödenburg vorzugehen. 1672 verlangte Kollonits, dass bei der Wahl des neuen Stadtrates auch Katholiken berücksichtigt werden. Die Ödenburger weigerten sich zunächst und wurden daraufhin vor das königliche Gericht zitiert. Die Beschuldigung lautete, die Stadt hätte sich seit 1609 nicht an das Gesetz gehalten, das vorschrieb, dass der Rat ohne Rücksicht auf die Religion zu wählen sei. Der Stadt wurde eine Strafe von jährlich 2000 Gulden, insgesamt 126 000 Gulden, auferlegt. Zwar wurde die Strafe dann auf 34 000 Gulden "ermäßigt", war aber immer noch so hoch, dass sie die Stadt unmöglich aufbringen konnte. So musste die Stadt 1000 Eimer Wein liefern und eine große Zahl an Weingärten in Mörbisch und die beiden Dörfer Loipersbach und Klingenbach an die königliche Kammer versetzen.

Am 25. Feber 1674 musste der langjährige evangelische Pfarrer von St. Michael, Christian Sobitsch, Abschied nehmen. Er war nur einer unter vielen. 730 evangelische Pfarrer wurden vor das Pressburger Sondergericht zitiert, 42 wurden als Sklaven auf venezianische Galeeren verkauft. Die Jesuiten demonstrierten ihren Sieg, indem sie nun in die Innenstadt einzogen. Sie übernahmen die St. Georgskirche, das Vitnyédi-Haus und weitere Häuser neben der Kirche, wohin sie nun ihr Gymnasium aus der Vorstadt, aus der Sandgrube, verlegten. Die Kirche wurde im barocken Stil umgebaut und um Altarkapellen erweitert.

Inzwischen gärte es auch politisch im ganzen Land. Nach der „Magnatenverschwörung“ wurde Ungarn absolutistisch regiert, von einem „Gubernium“. Das Amt des Palatins wurde abgeschafft. In Siebenbürgen und im Osten des Landes, wo sich immer mehr Glaubensflüchtlinge sammelten, begann Imre Thököly seinen Aufstand. Er rekrutierte aus entlassenen Grenzsoldaten eine Kuruzzenarmee und eroberte weite Gebiete Oberungarns. Kaiser bzw. König Leopold sah sich gezwungen, nach 19-jähriger Pause wieder den ungarischen Landtag ein zu berufen. Der Landtag trat am 21. April 1681 in Ödenburg zusammen, da in Preßburg die Pest noch nicht vollständig erloschen war (34)Quelle/Hinweis:
Bericht des hessisch-darmstädtischen Gesandten Justus Eberhard Passer an die Landgräfin Elisabeth Dorothea über die Vorgänge am kaiserlichen Hof und in Wien von 1680 bis 1683. Mitgeteilt von Dr. Ludwig Bauer In: Archiv für Österreichische Geschichte 37. Band ab S. 271. Sehr interessante Schilderung der Ereignisse in Ödenburg ab S. 310. Vollständiger Text im Internet (Google-Bücher).
. Die Liste der Beschwerden, die die evangelischen Stände vortrugen, war lang. Die katholische Ständemehrheit wollte die Religionsfrage überhaupt nicht behandeln und antwortete auf die protestantische Denkschrift mit Gegenvorwürfen.

Das Jahr 1683 brachte schließlich den schwersten Schlag für die Stadt und besonders für die Stadtdörfer. Das Heer Kara Mustaphas zog gegen Wien, in seinem Gefolge befanden sich nicht nur die tatarischen Hilfstruppen, die gefürchteten „Renner und Brenner“. Auch Thökölys Kuruzzen schlossen sich den Türken an. Ödenburg zog am 12. Juli 1683 die weißen Fahnen auf. Es musste sich - wie alle Städte, die auf dem Einfallsweg der Türken lagen, ergeben. In die Stadt wurde eine Salva Quardia, also eine Schutztruppe, verlegt, die sie vor den Plünderungen schützen sollte. Die Jesuiten wurden aus der Stadt vertrieben, sie erhielten freien Abzug mit all ihren Büchern und Schriften nach Talberg bei Graz. Die Evangelischen übernahmen wieder die Kirchen, obwohl Preininger das zu verhindern suchte.

Die lange Zeit des Niederganges setzte sich mit den Ereignissen des Jahres 1705, mit der Belagerung Ödenburgs durch die Kuruzzen Franz Rákóczis II. (->Wikipedia), fort. 1703 brach der Kuruzzenaufstand aus und erfasste bald weite Teile Ungarns. Die Stadt Ödenburg hatte, nachdem ein Kuruzzenheer in Deutschkreutz sein Lager aufgeschlagen hatte, unter zahlreichen Übergriffen auf die Bevölkerung zu leiden.