Das Verhältnis zwischen den Konfessionen war, wie nicht anders zu erwarten, gespannt. Viel hing vom jeweiligen katholischen Stadtpfarrer ab. So wird berichtet, dass im Jahre 1744 Stadtpfarrer Hauser dem neu gewählten evangelischen Bürgermeister Johann Christoph Ruß den Amtseid abnahm. Als dieser einfach zu sprechen aufhörte, als der Text zu Maria und den Heiligen kam, ging der Stadtpfarrer darüber hinweg und stimmte das Te Deum an (nach Grete Maar, S. 114).

Verstimmungen gab es bei Mischehen, die ausschließlich vor einem katholischen Priester geschlossen werden konnten, und bei Übertritten zum evangelischen Glauben, die ja bei Strafe verboten waren. Der langjährige Stadtpfarrer Georg Primes (1745–1775) erwies sich als besonders auf den Primat der katholischen Kirche bedacht. Anlass zum Streit bot immer wieder die Fronleichnamsprozession, an der auch evangelische Zunftmitglieder teilnehmen mussten, dies aber verweigerten. Der Stadtrat war mit dieser harten Haltung keineswegs einverstanden und versuchte immer wieder, zu beruhigen. Wenig Verständnis fand man im doch schon recht liberalen Bürgertum auch für die strenge Bücherzensur, die Primes ausübte, etwa durch Kontrollen in der Druckerei Siess.

Das katholische Schulwesen war nach wie vor von der überragenden Stellung des Jesuitengymnasiums geprägt, das auch von den Söhnen des Hochadels besucht wurde. Dort wirkten hervorragende, auch vielfach als Autoren religiöser Bücher ausgezeichnete Lehrer. Das Jesuitengymnasium in der St. Georgsgasse neben der Kirche führte sechs Klassen, zwei Vorbereitungsklassen und je eine Klasse Grammatik, Syntax, Poetik und Rhetorik. Der Unterricht erfolgte in lateinischer Sprache, aber auch Deutsch, Französisch und Italienisch wurden unterrichtet. Theatervorführungen durch die Schüler waren auch weiterhin sehr wichtig und dienten der Schulung zu einem selbstbewussten, sicheren Auftreten. Die Jesuiten nahmen sich aber auch der religiösen Volksbildung an und veranstalteten immer wieder mehrtägige „Missionen“, die die religiöse Identität der Katholiken gegenüber der evangelischen Einwohnerschaft stärken sollten. Am 12. Oktober 1775 erhielt die Ordensniederlassung die Mitteilung von der Auflösung des Jesuitenordens. Der Besitz des Ordens wurde von einem königlichen Kommissar versteigert, mit dem Erlös wurde ein Studienfonds gegründet.

Im Gefolge der josephinischen Kirchenreform mussten 1787 auch die Franziskaner ihr Kloster verlassen. Während den Jesuiten vor allem in der evangelischen Bevölkerung wohl kaum jemand nachtrauerte, wurde die Auflösung des Franziskanerklosters allgemein bedauert, zumal nun auch die traditionsreiche „Geißkirche“ am Hauptplatz leer stand. Die Inneneinrichtung blieb zum Glück erhalten. In der Franzosenzeit wurde die Kirche als Heudepot benützt. Erst 1802 übernahmen die Benediktiner Kloster und Kirche. Sie setzten mit ihrem Gymasium in der Georgsgasse auch das frühere Jesuitengymnasium fort. Das Benediktinergymnasium, das ebenfalls einen hervorragenden Ruf hatte, wurde 1949 von den Kommunisten verstaatlicht. 1778 erhielt die Stadt im Gefolge der maria-theresianischen Schulreform eine „Normalschule“ für die Ausbildung der Volksschullehrer.

Auch der Grundschulausbildung katholischer Kinder widmete man im Verlauf des 18,.Jahrhunderts zunehmend Aufmerksamkeit. Die Pfarrschule St. Michael besuchten im Jahre 1713 120 Schüler, im Jahre 1774 bereits 391 Schüler. Das Anwachsen des Katholikenanteils in der Bevölkerung machte schon im frühen 18. Jahrhundert eine zweite Volksschule in der Bäckergasse, später Kirchengasse, erforderlich. Schließlich richtete der katholische Konvent eine dritte, eine Armenvolksschule, im Konventshaus in der Schmiedgasse ein. Nach Abschluss der vierklassigen Volksschule gab es zur Wiederholung eine Sonntagsschule. Die religiöse Erziehung spielte in der Schule eine wichtige Rolle, täglich wurde die Messe besucht und musikalisch begabte Schüler zur Messgestaltung herangezogen. (38)Quelle/Hinweis:
Maar, G.: Einführung in die Geschichte der westungarischen Stadt Scarabantia – Ödenburg – Sopron. Edition Praesens, Wien 2000. S.117 f.