Es waren der Stadt allerdings nur wenige Jahre der Ruhe und des Aufbaues gegönnt. Schon bald drohten weit größere Gefahren als die Bocskai-Wirren. Die Probleme kündigten sich schon bald nach dem Wiener Frieden an. Die Gegenreformation begann im habsburgischen Ungarn mit voller Wucht. Mit den Esterházy kam eine Familie nach Westungarn, die sich nach dem Glaubenswechsel Nikolaus Esterházys zum Katholizismus als fanatische Gegner des Luthertums erwies. Die Stadt Ödenburg und ihre Herrschaft waren bald von Esterházy-Besitzungen umgeben.

Neben den Herrschaften Forchtenstein und Eisenstadt erwarb Nikolaus Esterházy durch seine Heirat mit Ursula Dersffy auch Landsee und Lackenbach und ein Haus in Ödenburg. Mit dem Jesuiten Péter Pázmány wurde ein eifriger Vertreter des Kampfes gegen die Evangelischen 1616 Erzbischof von Gran. Er verlegte seinen Sitz nach Tyrnau. Im Mai 1618 begann mit dem Prager Fenstersturz der große Aufstand der böhmischen, österreichischen und ungarischen Stände gegen das Habsburgische Erzhaus und seine Katholisierungspolitik. Während die böhmischen Stände mit ihrem Heer unter Führung des Grafen Thun gegen Wien vorrückten sammelten sich auch die unzufriedenen Ungarn unter Gabor Bethlen, dem Fürsten von Siebenbürgen. Bethlen wurde zum Rückzug vor Wien gezwungen und kam am 30. November 1618 nach Ödenburg. In der Stadt war man wenig begeistert, zumal sich im Heer Bethlens auch türkische Truppen befanden. Der Großteil der Bethlen-Soldatestka zog nach zwei Nächten und einem Tag aus der Stadt ab, 1500 Mann wurden aber zurück gelassen.

Bethlens (31)Quelle/Hinweis:
„Bethlen war ein großzügiger Außenpolitiker mit ausgezeichneter diplomatischer Begabung, er plante und organisierte europäische Koalitionen gegen die Habsburger. Er war von den Türken kaum abhängig, vielmehr nützte er sie für seine Ziele aus.“ Was Bethlen aber bis heute rühmenswert macht, war seine Kulturpolitik. Er und nicht die Jesuiten waren es, der die erste Hochschule in Tyrnau gründete. Später musste er diese Einrichtung allerdings mehrmals verlegen, nach Kaschau (Kosice), Klausenburg (Cluj) und schließlich in seine Residenz Karlsburg ( heute Alba Julia). Hochschule, Druckerei und Bibliothek standen im Dienste des Kalvinismus, Bethlen selbst aber war - einzigartig im damaligen Europa - äußerst tolerant. Er holte die Jesuiten nach Siebenbürgen, finanzierte ihre Bibelübersetzung, schaffte die Diskriminierung von Orthodoxen und Juden ab, nahm die in ganz Europa verfolgten Wiedertäufer auf.... schuf also jene Atmosphäre, die Siebenbürgen über Jahrhunderte, bis in das Zeitalter des Nationalismus, nicht nur wirtschaftlich, sondern auch geistig zu einem Musterland machte. Seine Residenz Karlsburg baute er prächtig aus, er gehörte etwa zu den ersten Förderern der italienischen Oper. Tóth, István György (Hg.): Geschichte Ungarns. Budapest 2005, Corvinia.
Ziel war die Wiedervereinigung Ungarns und die Befreiung von habsburgischer wie türkischer Fremdherrschaft. Um dieses Ziel zu erreichen betrieb er erfolgreiche Politik im europäischen Rahmen: Der Kontakt zum böhmischen, mährischen, schlesischen und österreichischen Adel, der gegen Habsburg aufbegehrte, bestand schon lange. 1619 griff Bethlen in den 30-jährigen Krieg ein. Dass das große ständische Unternehmen in der Schlacht am Weißen Berg scheiterte, war nicht seine Schuld. Er war jedenfalls der einzige, der weiterkämpfte und damit seinem Land das traurige Schicksal Böhmens ersparte. 1620 brachte er das ganze königliche Ungarn unter seine Herrschaft, vom Landtag in Neusohl (heute Banská Bystrica in der Slowakei) wurde er zum ungarischen König gewählt. 1621 erzwang er den Nikolsburger Frieden, der erneut die Glaubensfreiheit zusicherte. 1623 und 1626 griff er erneut an und fand in Oberungarn immer wieder Zustimmung. Die kaiserlichen Armeen hatten keine Chance.

Nikolaus Esterházy, der sich nach Landsee zurückgezogen hatte, wandte sich an König Ferdinand um Hilfe. Ferdinand schickte seinen Heerführer Dampierre, der die Kuruzzenbesatzung in den Ödenburger Vorstädten überrumpelte. Den Ödenburgern freilich waren die Kaiserlichen ebenso wenig willkommen, zumal sich im Gefolge Dampierres „kroatisches Gesindel“ befand, das in der Stadt ihr Unwesen trieb (Payr, Kirchengeschichte, S. 235).

Bethlen wurde 1620 auf dem Landtag in Neusohl zum König von Ungarn gewählt. An dieser Wahl war auch Christoph Lackner als Vertreter Ödenburgs beteiligt. Daraus sollten sich für die Stadt noch einige Probleme ergeben. Bethlen aber war vorsichtig, zumal auch die Türken massiv drohten und eine Vereinigung Siebenbürgens mit Ungarn verhindern wollten. Er ließ sich, obwohl er über die Krone verfügte, nicht krönen. Zunächst eroberte Bethlen ganz Transdanubien. In der Schlacht von Lackenbach wurde allerdings eine große Schar von Aufständischen von Dampierre, der aus dem Raum Wr. Neustadt herbei eilte, und dem Aufgebot der esterhazyschen Bauern besiegt. Dampierre, der in einem Gefecht bei Pressburg fiel, fand in Colalto einen brutalen Nachfolger. Er ließ unter den evangelischen Bürgern von Tschapring (Csepreg) ein furchtbares Blutbad anrichten (1200 Bürger wurden umgebracht). Das war ein deutliches Signal an die Herrschaften und Städte Westungarns, sich zu unterwerfen. Es war das Verdienst Lackners, dass die Stadt einigermaßen glimpflich aus der schwierigen Situation wieder heraus kam. Lackner suchte Colalto in dessen Lager auf und brachte 20 000 Gulden und 2000 Eimer Wein als „Lösegeld“ mit. Colalto verbot darauf hin die Plünderung der Stadt und ließ diese „friedlich“ besetzen. Lackner musste allerdings schleunigst und auf Umwegen das Lager Colaltos verlassen, denn dessen Soldaten waren furchtbar wütend, hatten sie doch fest mit der Plünderung der reichen Stadt gerechnet.

Lackner gelang die Aussöhnung mit König Ferdinand II., ja Ödenburg wurde in der Folgezeit wiederholt als Austragungsort von ungarischen Landtagen (Reichstagen) gewählt. Die Basis für die Aussöhnung brachte der Nikolsburger Frieden von 1622, der den Evangelischen die Religionsfreiheit erneut zusicherte. Bethlen gab die ungarische Krone zurück. 1622 wurde in Ödenburg erstmals der ungarische Landtag abgehalten, der vom 15. Mai bis 8. August dauerte. Sitzungsort war die Franziskanerkirche (Geißkirche). Der Landtag bedeutete für die Stadt eine große Belastung, brachte andererseits den Bürgern aber auch hohe Einnahmen, da sich zahlreiche hochgestellte Persönlichkeiten längere Zeit in der Stadt aufhielten. Während des Landtages wurde Eleonore Gonzaga, die zweite Gemahlin Ferdinands II., in Ödenburg zur Königin von Ungarn gekrönt. Die Stadt erhielt das Recht des freien Weinexportes, das Stadtwappen wurde durch Kaiseradler mit Herzogshut und die beiden Buchstaben FE (Ferdinand und Eleonore) ergänzt. Lackner wurde zum königlichen Truchsess und Pfalzgrafen ernannt.

1625 fand erneut ein Landtag in Ödenburg statt. Der Thronfolger, der damals 18jährige Erzherzog und spätere Kaiser Ferdinand III., wurde zum ungarischen König ausgerufen. Beim Wiener Tor wurde der bis heute erhaltene Krönungshügel aufgeschüttet, auf dem der junge Habsburger die vier symbolischen Schwertstreiche in die vier Himmelsrichtungen ausführte. Die Ehrengarde wurde von der Ödenburger Bürgerwehr unter Lackner gestellt. Dieser zweite Landtag in Ödenburg brachte auch die Wahl Esterházys zum Palatin von Ungarn.