Im Jahre 1670 nahm man die Magnatenverschwörung zum Vorwand, um alle evangelischen Pfarrer und Lehrer Ungarns insgesamt für Hochverräter zu erklären. Sie mussten sich ihrer Ämter unwürdig erklären, wurden vertrieben, eingekerkert und sogar als Galeerensträflinge verschleppt. Die Stadt Ödenburg weigerte sich anfangs, die evangelischen Pfarrer zu entlassen, musste schließlich aber doch nachgeben und hohe Strafen zahlen. Da die Stadt das hohe Strafgeld von 2000 Gulden nicht aufbringen konnte oder wollte, musste sie die beiden Dörfer Klingenbach und Loipersbach an die Hofkammer verpfänden.Der Bischof von Raab, Georg Szechenyi, einer der eifrigsten Gegenreformatoren, hinterlegte die Pfandsumme bei der Hofkammer und kam so in den Besitz der beiden Dörfer. Szechenyi wollte offenbar an Loipersbach, das ja noch immer ein Zentrum für die Evangelischen der Umgebung war, ein Exempel statuieren. Pfarrer Fomann wurde nach Pressburg vor Gericht zitiert, konnte aber wegen einer schweren Krankheit diesem Befehl nicht Folge leisten.

Der Richter und die Geschworenen von Loipersbach mussten nach Kroisbach kommen, wo man sie bis 1673 einkerkerte. Im Frühjahr 1673 wurde Fomann vertrieben und kehrte vermutlich in seine Heimat zurück. Der Gemeindevertretung machte man das Angebot, sie aus der Haft zu entlassen, wenn sie den ihr in Kroisbach vorgestellten Franziskanermönch Stephan Rozenitz, einen Wulkaprodersdorfer Kroaten, als ihren Pfarrer akzeptiert hätte. Richter und Geschworene lehnten dies aber entschieden ab, und so musste Rozenitz am nächsten Tag allein nach Loipersbach abreisen. In Loipersbach ließ er dann auf Befehl des Bischofs die Kirche mit Gewalt aufbrechen. Am 17. Dezember 1673 übernahm er das erwähnte Taufbuch „zur Ehre Gottes, der hl. Jungfrau Maria und aller Heiligen.” Daraufhin besuchten Walbersdorfer, Pötteldorfer und Loipersbacher die Gottesdienste in Agendorf. Am 7. Jänner wurde aber auch Pfarrer Rosner aus Agendorf vertrieben und begann seine abenteuerliche Flucht. Er wurde später Hofprediger des Herzogs Friedrich von Sachsen. Die Teilnahme an evangelischen Gottesdiensten in Öden-burg wurde in der Folgezeit streng bestraft, so dass die Loipersbacher ihre kirchlichen Handlungen von Rozenits vornehmen lassen mussten.

1674 wurde eine Kirchenvisitation durchgeführt. Im Protokoll heißt es: „Hie parochiani praeter unum sunt omnes haeretici et omnes germani .. .” (Die Pfarrkinder sind, mit einer einzigen Ausnahme, aller Irrgläubige, also evangelisch, und Deutsche..) Die Kirche, von „den Irrgläubigen zurück gewonnen”, war länglich und schmal, mit Schindeln gedeckt und hatte einen Holzturm mit einer nicht geweihten (also von den Evangelischen angeschafften) Glocke. Die St. Martinskirche im Dorf, die von den Evangelischen ausgebaut worden war, nun aber wieder katholisch war, fanden die Visitatoren etwas eng, aber lang. Das Sanktuarium war gewölbt, das Kirchenschiff hatte eine flache Decke. Es gab eine Sakristei, die ebenfalls gewölbt war, eine Steinkanzel und einen Altar. Der Pfarrer besaß einen Weingarten mit 20 Tagwerk, 6 Joch Ackerland, eine Wiese mit 6 Tagwerk, 3 Gärten, die alle die Gemeinde bearbeiten musste, bewohnte ein bequemes Pfarrhaus mit Keller, Scheune und Stall, das ebenfalls die Gemeinde erbauen und in Stand halten musste. Schulmeister war Michael Major, offensichtlich der einzige erwähnte Katholik, ein Kroate, der zwar deutsch sprechen konnte, zu dem aber keine Kinder in den Unterricht kamen. 1680 ist bereits Agendorf katholische Muttergemeinde, Loipersbach ist Filiale Rozenitz ist Pfarrer, anscheinend bis 1684, denn in diesem Jahr scheint er als Pfarrer von Kolnhof auf. Er stirbt 1702 und hinterlässt den Paulinern in Wandorf einen beachtlichen Besitz.
Im Jahre 1677 übergab der Bischof von Raab Loipersbach an die Günser Jesuiten, also an jenen Orden, der sich besonders um die Bekämpfung des Protestantismus verdient gemacht hatte. Doch kam es anscheinend zu keiner Jesuitenmission, denn nur wenige Jahre später wurde Loipersbach von den Türken zerstört. Erst 1697, nach zwanzigjähriger Jesuitenherrschaft, nahm die Stadt Ödenburg den Kampf um ihre verpfändeten Dörfer wieder auf. Es kam zunächst zu heftigen Auseinandersetzungen zwischen Stadt und Jesuiten um die Einsetzung des Richters. 1698 befand sich die Gemeinde dann wieder im Besitz Ödenburgs, nachdem die Stadt die Pfandsumme aufgebracht hatte.

Die Bevölkerung Loipersbachs im Jahre 1672:
Andreas Holzinger, Richter – Michael Amringh – Andreas Csircz – Matthias Milner – Thomas Scholler – Relicta Philippi Poder – Adamus Pimped – Matthias Ambringh – Matthias Scheustuel – Philippus Unger – Georgius Roth – Stephanus Romer – Georgius Kientleitner – Jacobus Siller – Georgius Ameringh
Viertelansässigkeiten: Josephus Puchner – Joannes Kurst – Joannes Lagler – Joannes Roidlstorffer – Wolfgangus Scholinczer
Achtelansässigkeiten:
Thomas Perl – Georgius Rostok – Joannes Offner – Stephanus Ameringh – Martinus Winkler – Stephanus Strommer – Michael Sneperger – Michael Allinger – Simon Bilffingh
Matthias Floiger – Georgius Roth – Michael Fisser – Michael Redl – Laurentius Pinter – Martinus Bertold – Thomas Fisser – Thomas Ponczer – Michael Grueber – Martinus Kroier Martinus Czvaier – Johannes Cziegler – Blasius Knoczer – Stephanus Grazl – Michael Naihanzer – Martinus Unger – Joannes Gstettner – Martinus Czotl – Joannes Rauner – Joannes Jeniel – Caspar Maar – Erhardus Staner – Michael Kolpondner – Andreas Ponczer – Relicta Blasii Sneperger – Thomas Sventenbein – Matthias Unger – Georgius Altmar – Joannes Frank
Im Juli 1683 musste sich die Stadt Ödenburg der großen türkischen Übermacht ergeben. Die türkische Besatzung in Ödenburg versuchte zwar die Stadtdörfer zu schützen, konnte aber gegen die wilden Horden des Tartarenchans Murad Giraj nichts ausrichten. Diese erschlugen einfach die Schutzwachen und überfielen am 23. Juli Agendorf, am 24. Juli Klingenbach und Loipersbach. Die Ortschaften wurden niedergebrannt, die Martinskirche in Loipersbach zerstört, zahlreiche Menschen erschlagen oder verschleppt. In den folgenden Monaten erschienen wiederholt türkische Truppen, die alles an Vieh und Lebensmitteln für das türkische Lager vor Wien beschlagnahmten. Am 1. September wurden Agendorf und Loipersbach erneut geplündert. In der folgenden Zeit war die Not überaus groß, der Winter 1683/84 war noch dazu sehr streng, im Sommer kam es zu Überschwemmungen und die Pest brach aus. Im Winter 1684/85 mussten die Bauern schließlich auch noch kaiserliche Truppen einquartieren und verpflegen. Aus einem Vergleich der Konskription von 1672 und einer anderen aus dem Jahre 1697 kann man auf die Menschenverluste schließen: 1672 wurden 59 Familienoberhäupter gezählt, 1697 waren es nur mehr 35. Die Einwohnerzahl sank von ca. 400 – 500 auf 300 – 150 Menschen. Die Familien waren 1697 nur klein, meist 3 – 4 Personen, keine einzige zählte über 5 Personen. Von den 1672 erwähnten 49 verschiedenen Familiennamen scheinen 1697 nur mehr 11 auf! Offensichtlich waren die Loipersbacher nicht geflohen und hatten sich zu sehr auf die Schonung durch ihre ungarischen Glaubensbrüder, die sich in großer Zahl im türkischen Heer befanden, verlassen. Allerdings fand sofort nach Rückgabe der Gemeinde an Ödenburg eine Aufsiedlung statt. Viele Familien zogen aus Agendorf zu, das anscheinend weit geringere Schäden erlitten hatte. Man hat den Eindruck, dass die übrigen Stadtdörfer weit weniger schwer getroffen wurden, der Jesuitenbesitz Loipersbach aber übel verwüstet wurde. Vermutlich hatten die Loipersbacher auch nicht das Recht, wie zur Zeit der Bocskayrebellion, in Ödenburg Zuflucht zu suchen.

1685 gab es wieder eine Visitation, die aber nur wenig Fakten fest hielt: Pfarrer von Agendorf-Loipersbach war ein Kroate namens Michael Divjaczicz. 1696 war Loipersbach noch immer eine Filialgemeinde von Agendorf, der Pfarrer war ein Michael Bilt (Wild) aus Wulkaprodersdorf. Die Martinskirche im Dorf war noch immer zerstört, nur das Dach hatte man wieder in Stand gesetzt. Noch 1713 musste die Gemeinde verpflichtet werden die Kirche zu renovieren. Die evangelische Bevölkerung hatte offensichtlich kein Interesse daran. Der Pfarrhof war an zwei Inwohner vermietet. Von der Gemeinde bekam der katholische Pfarrer 64 Gulden in bar, 30 Metzen Frucht und Brennholz nach Bedarf. Er besaß einen Weingarten, eine Wiese, 2 Gärten und 6 Joch Acker. 1704 wurde Andreas Dorner aus Mattersburg katholischer Pfarrer von Agendorf-Loipersbach und nunmehr auch Wandorf. Das Visitationsprotokoll von 1713 ist sehr aufschlussreich. Die Kirche war noch immer nicht benutzbar. Die Gemeinde wurde verpflichtet, sie wieder aufzubauen. Die Peter-Paulskirche im Friedhof konnte offenbar noch verwendet werden, war aber ärmlich ausgestattet. Es gab weder eine Sakristei noch eine Glocke. Die Kirche besaß 16 Pfund Weingärten, eine Wiese und zwei Gärten sowie 107 Gulden und neun Eimer Wein aus der Vorjahresernte. Der Pfarrer hatte drei Weingärten, elf Joch Acker und drei Wiesen. 1728 bekam die katholische Pfarrgemeinde Agendorf-Loipersbach einen neuen Pfarrer, den ebenfalls aus Mattersburg gebürtigen Lorenz Michael Beschitz. Unter ihm wurden die Agendorfer und die Loipersbacher Kirche restauriert.
Die noch vor wenigen Jahren blühende Wirtschaft lag gänzlich danieder und es dauerte Jahrzehnte, bis sich die Gemeinde einigermaßen erholte. Auch nach der Rückgabe Loipersbachs an Ödenburg änderte sich daran wenig, da gerade im Jahre 1696 in der Herrschaft Ödenburg bedeutende Veränderungen vor sich gingen, die die Dorfgemeinden in eine starke Abhängigkeit herab drückten. Bis zum Jahre 1696 waren die Leistungen der Bauern an die Stadt eher gering, vor allem wenn man sie mit jenen der benachbarten Herrschaft Forchtenstein vergleicht. Sie umfassten Abgaben zu Georgi und Michaeli, persönliche Leistungen an das Stadtoberhaupt und die Ratsherren und das Bergrecht, d.h. Abgaben für die Weingärten sowie von Zeit zu Zeit Robotleistungen. Nunmehr aber mussten die städtischen Ortschaften die Bearbeitung sämtlicher Weingärten, Äcker und Wiesen Ödenburgs unentgeltlich übernehmen (1360 Pfund, das sind 39 ha Weinqärten, 266 Joch Acker und ca. 200 Tagwerk Wiesen). Davon entfielen auf Loipersbach, das noch relativ günstig dran war, 188 Pfund Weingarten. 20 Familien mussten Zugrobot, 23 Familien Handrobot leisten. Auch so genannte lange Fuhren, meist nach Wiener Neustadt, mussten die Loipersbacher durchführen. Die Abgaben betrugen im Jahre 1702 für ein halbes Lehen 4, für ein Viertellehen 2 und für eine Hofstatt 1 Gulden pro Jahr, für die nicht zur Ansässigkeit gehörenden Überlandgründe musste zusätzlich, je nach der Qualität des Bodens, bezahlt werden. Bis zum Jahre 1707 wurden die Abgaben stark erhöht und Loipersbach hatte nunmehr für 74 Viertellehen 370 Gulden, für die „Übergeher”, eine Art Land- und Flurpolizei, 50 Gulden und weitere kleinere Zahlungen, insgesamt 462 Gulden zu entrichten.

1698 wurden in Loipersbach gezählt: 21 Halblehner (je 12 Joch Grund, 6 – 8 Pfund Weingarten), 16 Viertellehner (je 6 Joch Grund, 3 – 6 Pfund Weingarten), 11 Hofstättler (je 1,5 – 3 Joch Acker, 3 – 8 Pfund Weingarten) und 9 Kleinhäusler. Dazu kamen noch Überlandgründe in unterschiedlichem Ausmaße. Die überwiegende Zahl der Halb- und Viertellehner hatten 2, einige 4 Ochsen als Zugvieh. Der Bestand an Kühen und Schweinen war nur gering. Hofstättler und Kleinhäusler hatten nur vereinzelt eigenes Zugvieh.

Aufmerksamkeit verdienen auch die Überlandweingärten im „Loyperspackerischen Weingebirge” am Kogelberg, da der Weinbau sicherlich die wichtigste Grundlage des relativen Wohlstandes auch im 18. Jahrhundert war. Die Größe der Überlandweingärten betrug nach einem Bergrechtsregister insgesamt 1521,5 Pfund, das sind 43,82 ha (1 Pfund = ca. 80 Klafter, 1 Klafter = 2,88 a). An Bergrecht mussten pro Pfund zwei Halbe (1 Ödenburger Halbe = 0,91 I, 1 Eimer = 72,5 I), insgesamt also 3037 Liter Most an die Stadt abgeliefert werden. Allerdings waren weniger als die Hälfte der Weingärten, 604 Pfund, im Besitz von Bauern aus Loipersbach. Große Anteile hatten auch Agendorf, Schattendorf und Wandorf. Einzelne Besitzer kamen aus Stöttera, Zemendorf, Rohrbach und Tschurndorf.

Im Jahre 1713 wurde das Verhältnis der Stadtdörfer zur Stadt erneut geregelt. Die Höfe waren inzwischen stark geteilt worden. Es gab nunmehr 13 Viertel-, 34 Achtel- und 7 Sechzehn-tellehner und 5 Kleinhäuslerfamilien. Sie waren ohne Ausnahme ewige Untertanen. Jeder Achtellehner musste im Sommer wöchentlich einen Tag Zugrobot oder 2 Tage Handrobot leisten, im Winter war die Robotleistung geringer. Jeder Achtelbauer hatte 1 Gulden 7,5 ung. Denare Dienstgeld und für jedes Joch Überlandäcker und jedes Tagwerk Überlandwiesen zusätzlich 5 Denare zu entrichten. An Bergrecht wurden insgesamt 112 Preßburger Eimer (= 3 848 l) pro Jahr abgeliefert. Zwei Achtelbauern mussten jährlich zusammen 1 Klafter Holz hacken und in die Stadt führen, bekamen dafür aber 3 Klafter Brennholz aus dem herrschaftlichen Wald. Ferner mussten die Bauern die herrschaftlichen Weingärten mit ihrer Jauche düngen und weite Fuhren bis zu 12 Meilen, meist um Weingartenstecken nach Wiener Neustadt, durchführen. Weiters mussten Landtagstaxe, Abgaben bei Weinverkauf oder -tausch, Sterbegeld, Erbschaftssteuer gezahlt und Naturalabgaben an den Ödenburger Bürgermeister und an den städtischen Inspektor bezahlt werden. Diese Bestimmungen blieben bis zur Einführung des „Maria Theresianischen Urbars” im Jahre 1767 in Kraft.