Der Kalenderstreit und seine Folgen Zu dieser Zeit, 1576 bestieg König Rudolf den Thron, und mit ihm begann eine traurige Zeit der Verfolgung und Unterdrückung für die Protestanten. Jede Gelegenheit und jedes Mittel wurde dazu benutzt und gegen die Lutherischen in Ödenburg schien man einen ganz besonderen Grund gefunden zu haben. Papst Gregor XIII. führte im Jahre 1582 den neuen, so genannten gregorianischen Kalender ein, doch die evangelischen Länder wollten von dieser päpstlichen Verordnung nichts wissen.
Auch in Ungarn sträubten sich die Protestanten, besonders aber die Ödenburger Lutheraner unter Führung ihrer Geistlichen ganz entschieden gegen die Einführung des neuen Kalenders. Als Strafe für die Opposition wurden im Jahre 1584 sämtliche evangelischen Pfarrer Ödenburgs und später auch die der zur Stadt gehörenden Ortschaften, also auch von Agendorf, vertreiben und die Bewohner mussten bis zum Jahre 1606,k in welchem Jahre aufgrund der Beschlüsse des Wiener Friedens die Religionsfreiheit überall wieder hergestellt wurde, nach Neckenmarkt und Deutschkreutz zum evangelischen Gottesdienst gehen, wo die vertriebenen Geistlichen Zuflucht fanden und alle übrigen kirchlichen Handlungen verrichteten. Während dieser Zeit (1584 - 1606) hat die katholische Kirche auch in unseren Landgemeinden, in welchen seit der Einführung der Reformation kein katholischer Pfarrer mehr war, wieder Fuß gefasst. Pfarrer Erasmus Fellner konnte sich zwar etwas länger als die Ödenburger Pfarrer behaupten - es wird seiner noch in dem Jahre 1586 gedachte - aber im Jahre 1588 kam schon ein gewisser Andreas Scherer als katholischer Priester nach Agendorf.
Verhältnis zwischen Stadt und Land
Nach dem Wiener Frieden wurde der ev. Gottesdienst in Ödenburg wieder hergestellt und die Zahl schritt schnell voran, denselben auch in der alten Nachbarschaft wieder einzuführen. Die Dorfschaften hatten ja den Magistrat zum Patron und dieser konnte hier auf seine Pflichten um so weniger verweisen, da dieselben auch den Genuss des Rechtes darboten. Überdies siedelten aus den Dörfern alljährlich mehrere Personen in die Stadt über, so dass sei für eine Pflanzschule derselben gelten konnte. Natürlich sah man also darauf, solche Bäume zu erhalten, wie man sie am liebsten wünschten. Bezüglich der kirchlichen Verwaltung blieben auch die Landgemeinden ebenso wie die städtische Kirchengemeinde selbst, frei von des Superintendenden Notmäßigkeit. Der Senior zu Ödenburg hatte die Aufsicht über sie und es sollte deshalb vierteljährlich ein Senioralkonvent gehalten werden. Leider ist in dieser Zwischenzeit in den kroatischen Ortschaften Klingenbach und Kohlnhof das Luthertum gänzlich erloschen, allein in den übrigen sechs städtischen Dörfern, darunter auch in Agendorf, ist es fast ungeschmälert geblieben. So musste denn auch von Agendorf der katholische Pfarrer wieder weichen, da hier schon im Jahre 1610 abermals ein ev. Prediger namens Christoph Schweiger genannt wird.
